Alih fungsi dari PGAN di seluruh Indonesia menjadi MAN ini berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 64/1990. Pemerintah dalam usaha meningkatkan kualitas sumber daya manusia memandang penting peningkatan para guru. Para lulusan PGAN yang semula berhak mengajar di SD, kini untuk menjadi Guru Agama Islam di SD harus lulus D3 Pendidikan Guru Agama Islam.
Keputusan Menteri Agama tersebut direalisir secara bertahap pada Tahun Pelajaran 1990/1991 mulai menerima siswa kelas I, sedangkan PGAN sudah tidak menerima lagi siswa kelas I. Adapun tahap perubahan kelas tersebut sebagai berikut :
TAHUN | KELAS I | KELAS II | KELAS III | KETERANGAN |
1990/1991 | MAN | PGAN | PGAN | Pada Tahun Pelajaran 1992 / 1993 Kelas MAN telah lengkap |
| 1991/1992 | MAN | MAN | PGAN | |
| 1992/1993 | MAN | MAN | MAN |
1 Juli 1992 Hari Berdiri MAN Yogyakarta III
Dengan telah selesainya tahap alih fungsi, keluarlah Keputusan Menteri Agama No. 42 Tahun 1992 tanggal 1 Juli 1992 tentang alih fungsi dari PGAN menjadi MAN di seluruh Indonesia.
